Su historia comienza en Travagliato, Brescia, el 15 de mayo de 1960. Con tan solo 13 años pierde a su madre, y a los 17 a su padre. Él y su hermano Giuseppe son entrenados por la hermana Lucía en el oratorio. Enseguida llaman la atención de un observador del Inter que les lleva a hacer una prueba a Appiano. A Giusseppe le cogen y Franco es descartado por ser demasiado bajo y por su edad. De aquí nace su sobrenombre de “piscinin”, pequeñito. Franco vuelve a intentarlo en la selección  juvenil del Milan. Fracasa en dos intentos, y más tarde, en 1974 es seleccionado.

Comenzó en Serie A (Primera División) el 23 de abril del ‘78 contra el Verona y un año después era ya titular. Atravesó el purgatorio de la serie B durante dos temporadas, sin embargo la Selección Nacional italiana lo buscaba igualmente. Saborea las mieles de entrar en la Selección Nacional del Mundial ´82, pero no juega. Los años de la presidencia Farina en el Milan son determinantes para su relación con Liedholm, entrenador capaz de hacerlo madurar y de iniciarlo en una visión de juego “sobre la zona” absolutamente de defensa, que será fundamental a partir de entonces.

Con la llegada de Berlusconi en 1986 y, sobre todo, con la llegada de Sacchi en 1987, Baresi se convierte en el defensa imbatible que se queda grabado en la retina de los deportistas de todo el mundo. Con Sacchi 1 título de liga  (scudetto), 2 Copas de Campeones, 2 Intercontinentales. Con Capello 4 títulos de liga, 3 de los cuales como líder, y 1 Copa de Campeones. No termina aquí, porque la carrera en la Selección Nacional es impresionante, con 81 asistencias. Una única mácula: nunca llegó a ser campeón del mundo. Sus lágrimas tras el penalti fallado en la final contra Brasil en USA ‘94 permanecen como una de las imágenes más dramáticas del fútbol italiano.